Zurück zu Franziskus, dessen Gesundheitszustand sich immer weiter verschlechtert hatte und dessen Pilgerreisen allmählich kürzer wurden. Orientierungspunkt blieb aber stets die Portiunkula, dorthin kehrte er gerne zurück. Die Angst um den inneren Konflikt seiner Gemeinschaft aber stieg und er gab, gerade auch deshalb, seine Bemühungen um ständige Beispielhaftigkeit nicht auf.
 

Aber wenngleich der glorreiche Vater vor Gott in der Gnade schon zur Vollendung gelangt war und unter den Menschen dieser Welt durch heilige Werke glänzte, war er dennoch dauernd darauf bedacht, noch Vollkommeneres in Angriff zu nehmen und als wohlerfahrener Ritter im Herrlager Gottes den Gegner herauszufordern und immer wieder neue Kämpfe zu entfachen. Er hatte vor, unter dem Führer Christus "Gewaltiges zu vollbringen". Wenn auch die Glieder erschlafften und der Leib schon abgestorben war, erhoffte er sich doch in neuem Streit einen Triumph über den Feind; denn wahre Tugend kennt kein zeitliches Ende, weil der erwartete Lohn ewig ist. Er glühte daher vor heißer Sehnsucht, zu den ersten Verdemütigungen zurückzukehren. Aus grenzenloser Liebe hoffnungsfroh, gedachte er, seinen Leib zur früheren Dienstbarkeit zurückzuführen, obwohl er doch schon bis zum Äußersten gegangen war. Er räumte gänzlich alle hemmenden Sorgen beiseite und unterdrückte vollständig jeden beunruhigenden Kummer. Und als er infolge seiner Krankheit die frühere Strenge notwendigerweise mäßigte, sagte er: "Brüder, nun wollen wir anfangen, Gott dem Herrn zu dienen; denn bis jetzt haben wir kaum, sogar wenig, nein, gar keinen Fortschritt gemacht." Er glaubte nicht, es schon ergriffen zu haben; und unermüdlich ausharrend im Vorsatz heiliger Erneuerung, lebte er in der Hoffnung, immer wieder einen neuen Anfang setzen zu können. Er wollte wieder zur Aussätzigenpflege zurückkehren und zum Gespötte dienen, wie es einstens geschah. Er nahm sich vor, die Gesellschaft der Menschen zu fliehen und die verborgensten Orte aufzusuchen, um so, frei von allen Geschäften und enthoben der Sorge um die anderen, für jetzt nur mehr durch die Wand des Fleisches von Gott getrennt zu sein.
Er sah nämlich, wie viele sich nach Ämtern der Ordensleitung drängten. Er verabscheute die Verwegenheit dieser Leute und suchte sie durch Beispiel von solch krankhafter Sucht abzubringen. - Er pflegte nämlich zu äußern, es sei gut und wohlgefällig in den Augen Gottes, Sorge für andere zu tragen, und sagte, dass nur diejenigen die Sorge um die Seelen übernehmen sollten, die dabei nichts suchen für ihre Person, sondern immer in allem nur den Willen Gottes im Auge hätten. Diejenigen sind gemeint, die nichts dem eigenen Heile vorziehen und nicht den Beifall, sondern den Fortschritt ihrer Untergebenen anstreben, nicht Ansehen vor den Menschen, sondern Ehre vor Gott; diejenigen, die nicht nach einem Oberenamt haschen, sondern es fürchten, die eine Ernennung nicht erhebt, sondern demütiger macht und die eine Absetzung nicht erniedrigt, sondern erhöht. Gerade in dieser Zeit, in der die Bosheit so üppig aufschoß und die Schlechtigkeit überhandnahm, sei es gefährlich, sagte er, zu regieren, dagegen, behauptete er, nützlicher, sich regieren zu lassen. Es schmerzte ihn, dass manche ihre ersten Werke verließen und, nachdem sie etwas Neues gefunden, die frühere Einfachheit vergaßen. Deshalb beklagte er die, die einst aus ganzer Seele dem Höheren nachgingen, jetzt aber zu Niedrigem und Nichtigem herabstiegen, und die in unnützen und eitlen Dingen sich auf dem Felde ungezügelter Freiheit zerstreuten und herumtrieben, nachdem sie sich von den wahren Freuden abgekehrt hatten. Deshalb bat er die göttliche Güte, seine Söhne von diesen Verirrungen zu befreien und flehte inständig, sie in der einmal gewährten Gnade zu erhalten. (1 Cel 103-104)
 

Trotz einiger Kuraufenthalte und Operationen in Siena bzw. Rieti, nunmehr fast vollständig erblindet,wurde Franziskus im Frühjahr 1226 nach Assisi gebracht und verbrachte dort einige Zeit im Hause des Bischofs.
Hier nun verfaßte er sein Testament, welches schon an einigen Stellen dieser Ausarbeitung zitiert wurde. Es gilt nicht als eine "neue Regel", sondern es stellt eine Erinnerung, Ermahnung und Aufmunterung dar. Gleichzeitig ist es der Prüfstein, mit dem sich die Minderbrüder in einer ständigen Herausforderung vergleichen sollen, um ermessen zu können, wie nah oder fern sie dem Ideal ihres Ordensgründers sind. Andere Menschen hinterlassen ihren Erben Reichtümer, Landbesitz oder andere Güter, er aber hatte nichts mehr von diesen Besitztümern. Er hatte alles hingegeben, um zu denen zu gehören, die die Gesellschaft ausgestoßen hat und auch heute noch ausstößt, so wie sie Jesus von Nazareth ausgestoßen hatte, der in einem Stall geboren und in eine erbärmliche Krippe gelegt worden war, der letztendlich, obwohl von Liebe und Güte erfüllt, von "uns" ans Kreuz geschlagen wurde. 

Franziskus hatte etwas hinterlassen, das er mit unzähligen Entsagungen, Opfern und Leiden gelebt hatte: sein eigenes Beispiel. Es war das Beispiel eines Bruders für die anderen Brüder und Schwestern. Jenes Beispiel für alle Menschen, die an Gott glaubten oder aber auch sich von ihm lossagten. Kein Wort, nicht die geringste Andeutung seiner körperlichen Leiden in seinem Testament, da jene an den Willen des himmlischen Vaters gebunden waren: dieser konnte sie als Prüfung schicken oder nicht. Jeder Minderbruder wählt dieses Leben des Heiligen und muß es befolgen, wenn er wirklich zum Kreise der "frati minori", den Minderen Brüdern, zur Bruderschaft des wirklich armen Franziskus gehören will.

Franziskus wurde, nachdem der letzte Versuch zur Heilung seiner Krankheiten in Siena/Toskana fehlschlug, für einige Zeit von Bischof Guido aufgenommen. Wie Bischof Guido den Sohn des Pietro Bernadone bei seinem immer eindrucksvolleren Aufstieg zu den Gipfeln der Heiligkeit, in dem er sich immer tiefer in der Gesellschaft herabließ, beobachtete, ist nicht bekannt. Doch kann man aus vielen Anzeichen, besonders im Zusammenhang mit den letzten Jahren des Heiligen schließen, dass auch dieser im Bann von Franziskus stand und ihn mehr denn je achtete und liebte, so sehr, dass er ihn schließlich bei sich aufnahm. Unklar bleibt auch, inwieweit sich Franz bei diesem Aufenthalt in dieser noblen Atmosphäre wohl oder unwohl fühlte. Er ließ sich, sobald er konnte, auf die einfachste und schnellste Weise fortbringen, um seine Anordnungen mit seinem Testament, Briefen und anderen Schriften, die unter anderem an die "Armen Frauen von San Damiano" gerichtet waren, treffen zu können, um an den Orden zu denken, der ihm die letzten Jahre soviel Angst bereitete und die Menschen um sich zu haben, die ihm die liebsten waren. 

Seine letzten Lebensmonate waren ein beeindruckender Schwung; eine Sehnsucht nach Harmonie und Austausch, die nur aus einer unerschöpflichen Fülle von Zärtlichkeit kommen konnte. Dieser kleine Pavarello, dieser gebrechliche 'Franciscus parvulus', "Euer ganz geringer Bruder Franz", wie er sich sicher aus Demut, in den letzten Jahren aber auch wegen seines hilflosen Zustandes selbst bezeichnete, dieser Mann floß über von Liebe. Sie ist sein größtes Geschenk, sein letztes Gut, das er nun denen gibt, die er liebt und die ihn lieben, die im Namen seines Ideals leben und danach handeln. Wenn auch seine körperliche Wirklichkeit nun ein ununterbrochenes, langes und vielfältiges Martyrium ist, so quillt doch seine Seele so sehr über von Zärtlichkeit, dass er an den bevorstehenden Tod nicht zu denken scheint. Denn auch dieser Tod gehört zur natürlichen Ordnung der Schöpfung, wie Gott sie in seiner Liebe zu den Menschen gewollt hat. Der Tod kann nicht Angst machen, ebensowenig wie Auf- oder Untergang der Sonne, sowie die dunkle Nacht mit ihrem Mond und den Sternen. 

Franziskus ließ sich nach seinem Aufenthalt im Hause des Bischofs zurück zur Portiunkula bringen. Er wußte, dass es seine letzte Heimkehr zu seinem kleinen Kirchlein sein sollte. Unterwegs wurde bei San Damiano, auf Franziskus Wunsch hin eine Pause gemacht. Er selbst wollte still von Klara und den anderen Schwestern Abschied nehmen, und nun für immer, daran gab es keinen Zweifel mehr. Sehen konnte er sie mit seinen eigenen Augen nicht mehr, die Krankheit war zu fortgeschritten. Auf dem weiteren Rückweg von San Damiano zur Portiunkula segnete er seine Geburtsstadt Assisi. Jenes damalige Zentrum, in dem er als junger Mann ständig Wortführer und König der Feste war; jene Stadt, die ihn nach seiner Lossagung, nach seiner Bekehrung verachtete und auslachte, doch jetzt, zum Ende seines Lebens bewunderte. 

"Beim Tode des Menschen", spricht der Weise, "werden seine Werke kund". Das sehen wir an diesem Heiligen herrlich erfüllt. Mutigen Herzens durchlief er den Weg der Gebote Gottes, über alle Stufen der Tugenden gelangte er zum Gipfel. Wie ein schmiedbares Metall, unter dem Hammer vielfältiger Trübsal zur Vollendung gebracht, erreichte er das Ziel aller Vollendung. Denn der Welt zu leben, hielt er für Schmach, die Seinen liebte er bis ans Ende, singend empfing er den Tod. - Als er sich schon seinen letzten Tagen näherte, in denen sich seine Augen dem vergänglichen Licht schließen sollten, um sich für das ewige Licht zu öffnen, zeigte er durch das Beispiel seiner Tugend, dass er nichts mehr mit der Welt gemein hatte. Von jener so schweren Krankheit, die allem Siechtum ein Ende machte, nämlich ganz aufgerieben, ließ er sich nackt auf den nackten Boden legen, um in jener letzten Stunde, in der der Feind immer noch in Zorn geraten konnte, nackt mit dem Nackten zu ringen. In Wahrheit erwartete er unerschrocken den Triumph mit verschlungenen Händen umfing er die Krone der Gerechtigkeit. So auf der Erde liegend, seines rauhen Gewandes entblößt, erhob er sein Antlitz wie gewohnt zum Himmel. Ganz in Erwartung der kommenden Herrlichkeit, bedeckte er mit der linken Hand die rechte Seitenwunde, damit man sie nicht sehe. Und er sprach zu den Brüdern: "Ich habe das meine getan, was euer ist, möge euch Christus lehren"!
Als die Brüder das sahen, vergossen sie reiche Tränen, aus tiefster Seele kamen schwere Seufzer, und übergroßem Schmerz und Mitleid gaben sie sich hin. Mittlerweile, als sich das Schluchzen einigermaßen beruhigt hatte, erhob sich eilends sein Guardian, der den Wunsch des Heiligen auf göttliche Eingebung hin deutlich erkannt hatte, nahm einen Habit, eine Hose und ein Käppchen aus grobem Tuch und sprach zum Vater: "Diesen Habit, diese Hose samt dem Käppchen leihe ich dir kraft des heiligen Gehorsams, das sollst du wissen! Aber damit du weißt, dass dir diese Dinge in keiner Weise gehören, entziehe ich dir jegliche Vollmacht, sie jemandem zu schenken." Da frohlockte der Heilige und jauchzte auf vor Freude des Herzens, weil er sah, dass er der Herrin Armut die Treue bis zum Ende gehalten habe. Er hatte das alles aus Eifer für die Armut getan, dass er nicht einmal einen eigenen Habit im Tode haben wollte, sondern nur einen von einem anderen entliehenen. Ein Käppchen aus grobem Tuch hatte er auf dem Kopf getragen, um die Narben zu bedecken, die ihm von der Augenoperation geblieben waren. Doch wäre für ihn eine ganz weiche Kappe von allerfeinster Wolle recht notwendig gewesen.
Darauf erhob der Heilige seine Hände zum Himmel und pries seinen Christus, weil er nun, aller Last ledig, frei zu ihm gehen konnte. Um sich aber in allem als Christi, seines Gottes, wahren Nachfolger zu zeigen, liebte er seine Brüder und Söhne, die er von Anfang an geliebt hatte bis ans Ende. Er ließ nämlich alle Brüder, die dort anwesend waren, zu sich rufen, besänftigte sie mit tröstenden Worten wegen seines Todes und forderte sie in väterlicher Güte auf, Gott zu lieben. Über die Beobachtung der Geduld und der Armut hielt er noch eine längere Ansprache, worin er das heilige Evangelium allen übrigen Satzungen voranstellte. So waren alle Brüder nun um ihn versammelt; er streckte seine Rechte über sie aus, legte sie, beginnend bei seinem Vikar, jedem einzelnen aufs Haupt und sprach: "Lebet wohl, ihr meine Söhne alle, in der Furcht des Herrn und verbleibet in ihr allezeit! Und weil Versuchung und Drangsal kommen werden, darum glückselig, die in dem beharren werden, was sie begonnen. Ich aber eile nun zu Gott, dessen Gnade ich euch alle empfehle." Und er segnete in denen, die zugegen waren, auch alle Brüder, die überall in der Welt sich aufhielten, und auch die, welche nach ihnen kommen würden bis zum Ende aller Zeiten.
Keiner soll sich diesen Segen widerrechtlich zueignen, den er in den Anwesenden für die Abwesenden spendete. So wie der Segen an anderer Stelle aufgezeichnet ist, bezeichnet er etwas Besonderes, das aber viel mehr auf das Amt anzuwenden ist.
Als deshalb die Brüder bitterlichst weinten und untröstlich klagten, ließ sich der heilige Vater Brot bringen. Er segnete es, brach es und reichte jedem ein Stücklein zum Essen. Er ließ auch das Evangelienbuch bringen und bat, man möge ihm das Evangelium nach Johannes vorlesen von der Stelle an, wo es heißt: "Vor dem Osterfeste usw." Er erinnerte sich jenes allerheiligsten Abendmahles, das der Herr mit seinen Jüngern zuletzt feierte. Denn zum ehrenden Andenken daran und zum Erweis, welch innige Liebe er zu seinen Brüdern hatte, tat er dies alles.
Darauf benützte er die wenigen Tage, die bis zu seinem Heimgang noch übrig waren, zum Lobe Gottes und forderte seine geliebten Gefährten auf, mit ihm Christus zu loben. Er selbst aber brach, so gut er konnte, in diesen Psalm (Psalm 141) aus: "Mit meiner Stimme rufe ich zum Herrn, mit meiner Stimme flehe ich zum Herrn." Er lud auch alle Geschöpfe zum Lobpreis Gottes ein und durch Worte, die er einstens gedichtet, forderte er sie auf zur Liebe Gottes. Ja, sogar den Tod persönlich, allen schrecklich und verhaßt, forderte er auf zum Lobpreis. Fröhlich ging er ihm entgegen und lud ihn ein zu Gast: "Sei willkommen, mein Bruder Tod"! Zum Arzt aber sagte er: "Mut, Bruder Arzt, sag es mir nur, dass der Tod sehr nahe ist; er wird mir die Pforte zum Leben sein!" Und zu den Brüdern sprach er: "Wenn ihr seht, dass es mit mir zu Ende geht, so legt mich nackt, wie ihr mich vorgestern gesehen habt, auf den Boden und laßt mich, wenn ich verschieden bin, solange so liegen als man braucht, um gemächlich eine Meile weit gehen zu können." - So kam seine Stunde und, da sich Christi Geheimnisse alle an ihm erfüllt hatten, entschwebte er glückselig zu Gott. (2 Cel 214 - 217) 

Franziskus starb am Abend des 03. Oktober 1226.